自転車が極端に少ない理由は、やはり坂の多さだと思います。
沖縄県内は本当に坂が多く、平坦な道路が何キロも続くところはほとんどありません。
私も初めの頃は移動手段が自転車でしたが、体力的にきつくなってすぐに原付を買ってしまいました。
また、特に夏は暑いので、自転車で移動したら汗でビショビショになってしまう、というのもあるかもしれません。

自転車を使わなければ、必然的に移動手段は車になってきます。
ですが、1人1台車を持つことになれば、駐車場を確保も大変ですし、ガソリン代・保険代等の維持費も相当なものになってしまいます。
ですので、維持費が安く、場所もとらない原付が多くなるのは必然かな、と思います。

また、原付が多いもう一つ大きな理由に渋滞が激しいから、というのもあると思います。
特に朝晩ですが、那覇周辺の58号線や330号線の渋滞は凄まじいものがあります…
最近は渋滞を考慮して、那覇への移動時間を計算できるようになりましたが、初めの頃は時間の計算がうまくできなくて、30分以上前に現地に着いてしまうことも多々ありました。

僕も車生活をするようになったので、最近めっきり運動不足が深刻です。
内地では、自転車に乗ることも多いですし、駅等の階段の上り下りもしますしね。

沖縄の交通事情と、沖縄の運動量・肥満の人の数は、関係がありそうですよね。